Penyebab pasti autisme belum diketahui, namun diduga merupakan kombinasi berbagai faktor:

• Teori Biologis: Meliputi faktor genetik (risiko lebih tinggi pada keluarga yang sudah memiliki anak autis) dan abnormalitas struktur otak atau biokimia darah (seperti kadar serotonin atau dopamin yang tinggi).
• Faktor Prenatal & Natal: Pendarahan saat kehamilan, konsumsi obat-obatan tertentu, kekurangan nutrisi, hingga gangguan pernapasan saat lahir.
• Keracunan Logam Berat: Paparan timah hitam atau merkuri, baik melalui lingkungan maupun makanan yang dikonsumsi ibu hamil.
• Gangguan Lain: Adanya masalah pencernaan (60% penderita), gangguan pendengaran, penglihatan, atau masalah autoimun.
• Faktor Psikososial: Teori lama menyebutkan hubungan yang "dingin" antara orang tua dan anak, meski hal ini masih diperdebatkan.